Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi, Su Ürünleri Fakültesi 1992 yılında Üniversitemizle birlikte 3837 sayılı kanunla kurulmuştur. Eğitim-Öğretime 1995-1996 yılında Ezine Üvecik’te başlamıştır. 1996-1997 Eğitim-Öğretim yılı Bahar döneminde Çanakkale’ye 4 km uzaklıktaki Karacaören’e taşınmıştır. 1998-1999 Eğitim-Öğretim yılında ilk mezunlarını veren Fakültemiz, 2000-2004 yıllarında eğitimini Terzioğlu Kampüsü Fen-Edebiyat Fakültesi binasında sürdürmüştür. 2004-2005 Güz dönemi itibariyle yine Terzioğlu Kampüsü’nde yer alan yeni binasına taşınarak eğitim ve öğretim faaliyetlerini burada sürdürmeye başlamıştır.

Su Ürünleri Fakültesi Aralık 2011 tarihinde fakülte isminin, denizcilikle ilgili bölümlerinde fakülte bünyesinde açılabilmesi kapsamında, “Deniz Bilimleri ve Teknolojisi” olarak değiştirilmesini Üniversite Senatosundan geçirerek YÖK’e sunmuş ve 10 Eylül 2012 tarih ve 28407 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan 2012/3641 karar sayısı ile "Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi-Su Ürünleri Fakültesi" nin adı,  "Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi-Deniz Bilimleri ve Teknolojisi Fakültesi" olarak değiştirilmiştir. Deniz Ulaştırma İşletme Mühendisliği ile Gemi İnşaatı ve Gemi Makineleri Mühendisliği bölümleri 2013 yılında açılmıştır. 2017 yılında Deniz Teknoloji Mühendisliği bölümü açılmış ve bölümün ismi 2022 yılında Su Ürünleri Endüstrisi Mühendisliği olarak değiştirilmiştir.

Fakülte bünyesinde Su Ürünleri Mühendisliği Bölümü altında bulunan “Su Ürünleri Mühendisliği Programı” Lisans eğitimi vermektedir. Deniz Ulaştırma İşletme Mühendisliği, Gemi İnşaatı ve Gemi Makineleri Mühendisliği ile Su Ürünleri Endüstrisi Mühendisliği bölümleri henüz öğrenci almamaktadır.